小林芳狼是少年侦探团初代团长小林少年的曾孙。在芳狼面前，10年前行踪不明的怪人二十面相出现了。二十面相只留下一句约定的时间近了就离开了，二十面相所说的约定到底是什么意思？四处奔走的芳狼、明智小五郎的曾孙小夜和他的青梅竹马等个性丰富的成员们聚集，所有谜团互相缠绕，找到答案少年侦探团才能够复活。
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