十六世纪后半叶的法国处于胡格诺战争时期，天主教徒与新教徒进行着残酷的内战，宫廷内部奢华淫靡，腐败不堪。公元1572年，信仰天主教的王室为结束战争，决定与新教徒的首领纳瓦尔国王亨利·德·波旁联姻，身为国王妹妹的玛格丽特公主，便成为政治婚姻的牺牲品。玛格丽特与亨利的婚礼在巴黎举行，就在众人欢庆婚礼之时，在凯瑟琳·德·梅第奇王太后的策划下，一场针对新教徒的大屠杀拉开帷幕，圣巴托罗缪之夜使整个法国血流成河。后来又经过数年战乱，玛格丽特的兄长们全都死于非命，而她的丈夫则意外地继承了法国王位，成为波旁王朝的开国君主亨利四世，玛格丽特也从公主变成玛戈王后 电影改编自大仲马的同名小说，不仅让文学著作焕发风采，也使法国历史里的"圣巴托洛缪大屠杀"重返公众视野，重现波旁家族在宗教战争的腥风血雨中入主王座的历史背景。《玛戈皇后》所描述的时代，残忍的杀戮已持续十多年，电影提及历代法国王室均以百合花作为家族纹章，天主教和新教在长期的拉锯战中都成了"嗜血的百合花"，电影呈现史实。