江戸時代。貧しい者たちのために作られた小石川養生所。所長の新出去定（にいで?きょじょう船越英一郎）は、恐れや親しみを込めて「赤ひげ」と呼ばれていた。若き医師、保本登（中村蒼）や津川玄三（前田公輝）、田山真一郎(鈴木康介)、新たに加わった女医のつぐみ（優希美青）も、今日も貧しい者の治療に奮闘中だ。そんな折、赤ひげは養生所の生みの親でもある大岡越前守に呼び出されることに。大岡の言葉は赤ひげに衝撃を与えるものだった。何と大岡は赤ひげに新たに設立する医学校の校長になれと言う。赤ひげは養生所を去るのだろうか！？一体、養生所はどうなってしまうのか……。一方、毎回、養生所には、つらい事情や秘密を抱えた貧しい訳ありの患者たちがやってくる。そんな患者の一人おたね（戸田菜穂）。どうやらこのことが養生所に新たな火種を生むことに……。